1957 wurde der Verein „Forschungsgemeinschaft Wilhelminenberg“ als Trägerverein der
Biologischen Station Wilhelminenberg gegründet.
1967 übernahm die Akademie der Wissenschaften die Biologische Station Wilhelminenberg und benannte sie „Institut für Vergleichende Verhaltensforschung der Österreichischen Akademie der Wissenschaften“. Die Forschungsgemeinschaft Wilhelminenberg brachte ihr Eigentum in das Institut ein.
1979 veranstaltete die Forschungsgemeinschaft Wilhelminenberg eine Ausstellung zum
Thema „33 Jahre Wilhelminenberg – Von den Reiherkoloinien des Neusiedlersees zur Kulturethologie“.
1982 wurden unter der Trägerschaft der Forschungsgemeinschaft Wilhelminenberg die ersten Abteilungen des von Otto Koenig neu gegründeten „Institut für angewandte
Öko-Ethologie“, in Staning und Leopoldsdorf eröffnet.
1984 folgte die Eröffnung zweier weiterer Abteilungen in Rosenburg und Greifenstein.
1992 stirbt Otto Koenig in Klosterneuburg.
1993 H. P. Kollar übernimmt den Vorsitz.
1994 H. Schratter übernimmt den Vorsitz.
1996 J. Trauttmansdorff übernimmt den Vorsitz.
2000 Auf Grund der finanziellen Situation musste die Abteilung Leopoldsdorf geschlossen
werden.
2001 J. Eisner übernimmt den Vorsitz.
2002 entstanden am Gebäude der Abteilung Rosenburg Hochwasserschäden, daher musste die Abteilung geschlossen werden.
2006 wurde die Abteilung Staning geschlossen, da die Ennskraftwerke AG als Eigentümer die Liegenschaft verkaufte. Seit damals betreibt die Forschungsgemeinschaft Wilhelminenberg alleinig am Vereinssitz in Stockerau eine Forschungsstätte unter der Bezeichnung „Otto Koenig Institut für angewandte Öko-Ethologie“.